I concetti di Sanità Pubblica, Pubblica Assistenza e Sicurezza Sanitaria, così come oggi intesi sono di una lenta armonizzazione e di un progressivo ampliamento delle conoscenze, acquisite nel corso di secoli di sperimentazioni, volti al miglioramento delle condizioni di vita dei popoli. Volendo analizzarne l'evoluzione, appare chiaro che fino al XVIII secolo circa, il concetto di "assistenza" in ambito sanitario è strettamente legato a quello di "carità", con gli Ospedali e le Opere Pie che cercano di porre rimedio alle mancanze dei governi.
Tuttavia "bisogna ricordare che la non visibilità, la non palpabilità e la non sensibilità di una cosa non sono per questo prove assolute della sua non esistenza" (Amadou Hampaté Ba), se dunque i Governi non sembrano, fino a quest'epoca, interessati a garantire la pubblica salute, vero è che non mancano esempi di provvedimenti governativi volti, ad esempio, ad arginare la diffusione di epidemie (controllo di merci, quarantene, ecc). Quello che sembra mancare, al di là dei provvedimenti dettati da particolari condizioni, è piuttosto la presenza di una forte rete assistenziale professionale (dunque garantita da medici, non da frati), almeno fino ai primi decenni del XIX secolo.
Analizzando l'organizzazione della sanità pubblica nei vari Stati preunitari, appare evidente come alcuni di questi (Stato Pontificio, Regno delle Due Sicilie) avevano una rete capillare di controllo e assistenza in ambito sanitario, ben superiore ad altri (Regno di Sardegna, Lombardo-Veneto), le cui attenzioni erano evidentemente rivolte altrove. Venendo a noi, il primo documento pervenuto riguardante provvedimenti di Sanità Pubblica nel Regno delle Due Sicilie risale al 1749, allorchè il Senato di Palermo pubblica uno studio sull'epidemia di peste che nel 1743 aveva colpito la città di Messina e propone eventuali misure di protezione e lìistituzione di cordoni sanitari portuali. La tragicità degli eventi spinge infatti gli organi preposti alla sicurezza sanitaria ad investigare sulle possibili misure da adottare per scongiurare, in futuro, eventi di sì vasta portataGli studi della Commissione saranno ripresi nel 1751 e porteranno alla pubblicazione di una Prammatica di Re Carlo III, Istruzioni Generali in materia di sanità, in cui si riforma l’organico della deputazione, si ribadiscono in maniera più chiara rispetto al passato i controlli necessari e, soprattutto, si comincia a distinguere il controllo sanitario sul transito via mare da quello via terra.
Bisognerà tuttavia aspettare il XIX secolo per avere le prime istruzioni riservate alla sanità marittima e ben distinte da quelle di polizia urbana. In particolare, nel 1817 il Re Ferdinando I formula un Regio Decreto, trasformato poi in Legge nel 1819, "volendo che in tutta la estensione de' nostri reali dominj, il servizio della pubblica salute sia regolato con principj e motodi uniformi", che istituisce la figura del Supremo Magistrato di salute pubblica ed una Soprintendenza generale, dipendenti dal Ministero dell'Interno; il primo con funzioni deliberative, la seconda con funzioni esecutive. Il Supremo Magistrato di Sanità, è composto da dieci Deputati ed un Segretario per i domini al di qua del Faro e di sei Deputati ed un Segretario per la Sicilia. Compito principale dei Supremi Magistrati è di deliberare su tutte le misure generali che la garanzia della salute pubblica esige nelle diverse circostanze. Uno Statuto penale, successivo, stabilirà un sistema di controllo sull'operato del magistero, che sarà ispezionato periodicamente da un Deputato di nomina regia, l'Ispettore generale.
Ogni Soprintendenza generale è composta dal Soprintendente generale e dal Segretario generale. Loro compito è di rendere esecutive le delibere del Supremo Magistrato e di amministrare i fondi destinati alla sicurezza sanitaria. Affianca il Supremo Magistrato e la Soprintendenza una Facoltà Medica, composta di sei professori di medicina, un professore di chimica ed un architetto, quest'ultimo con il compito di suggerire le misure logistiche necessarie, ad esempio, per fronteggiare eventuali epidemie.
Vengono inoltre istituite, per quanto riguarda la Sanità Marittima, le Deputazioni di Salute, divise in quattro classi in base all'importanza strategica del porto di riferimento (sono di prima classe le Deputazioni di Napoli, Palermo, Messina e Siracusa), tutti rispondono del loro operato al Supremo Magistrato.  Gli Intendenti sono considerati come i Direttori di tutto il servizio sanitario nelle rispettive province, coerentemente con le disposizioni ricevute dal Supremo Magistrato.  Le Deputazioni locali sono gli ultimi agenti di esecuzione per il servizio sanitario marittimo, gli ufficiali comunali per il servizio sanitario interno.
Tra i compiti dei Supremi Magistrati vi è quello di stabilire tutte le misure generali che la garanzia della salute pubblica esige nelle diverse circostanze. Tutta la loro attività è sottoposta al regolamento stilato in un apposito Statuto. (Il lavoro svolto in tali uffici non si è fermato dopo l'Unificazione ed ha permesso di giungere alla realizzazione dell’attuale sistema di controlli alle frontiere da parte delle autorità marittime delle maggiori città di mare dell'Italia unita.) L'importanza della legge è evidente. In un'epoca infatti in cui il concetto di Salute pubblica è ancora acerbo, il re Borbone è il primo nella futura Italia a dar vita ad una legge organica in materia di salute (Carlo Alberto di Savoia ci arriverà solo 12 anni dopo, nel 1831, con la pubblicazione di un Codice di Salute Pubblica).  Al servizio interno della salute pubblica influisce potentemente l'autorità protomedicale, cui spetta aver cura che l'arte salutare sia regolarmente esercitata nei vari suoi rami. L'istituzione del Protomedicato risale al 1530, a capo dell'istituzione fino al 1844 è posto un Protomedico generale del Regno, affiancato dai Professori della Facoltà Medica e da un segretario.
Nelle province, ogni distretto ha un protomedico ed un farmacista, i quali, con funzioni che dipendono dal protomedicato generale, vegliano sulla sanità del proprio distretto.  Il Protomedicato Generale vigilerà affinchè ogni attività connessa alla salvaguardia e tutela della salute sia svolta da personale qualificato ed autorizzato dalla Regia Università.  Nel 1844 Ferdinando II istituisce la Commissione Protomedicale, composta dal medico di Camera di S.M. , che la presiede, da un altro medico, da un chirurgo, due farmacisti ed un professore di storia naturale.  Esso è coadiuvato nell'esercizio delle sue funzioni da un Segretario Generale e da un Collegio di farmacisti, nonchè dai Quarantisti (quaranta speziali scelti fra i migliori della Capitale). In ogni distretto del Regno vi è un Vice-Protomedico ed uno Speziale visitatore, dipendenti sempre dal controllo centrale del Protomedico. In questo modo e grazie anche all'ispezione annuale che si compie per opera della Commisione Protomedicale e dei Vice-protomedici in tutti i comuni del Regno, si vigila sulla condotta di medici, farmacisti, droghieri, speziali, salassatori e di chiunque svolga un'attività connessa alla salute. Di rilievo l'importanza dell'Ufficio Vaccinazione, con sede a Napoli, composto di dieci soci ordinarii e due aggiunti (uno, dunque per ognuno dei 12 distretti della città), il servizio dei quali è giornaliero e gratuito.  La sua fondazione risale al 1802, quando viene istituito da Ferdinando I; se si considera che gli esperimenti del chirurgo Jenner sulla vaccinazione risalgono al 1798, non si può dire si sia giunti in ritardo alla sua realizzazione.
Da segnalare inoltre la presenza di un Giornale Vaccinico, fondato nel 1804 dal dott. Maglietta, il più antico giornale specializzato su un tema di interesse medico come quello della vaccinazione, ricco magazzino di fatti di rilevanza clinica e storica.
Ogni comune ha poi una Giunta Vaccinica, composta dal sindaco, dai parroci e dal medico condotto che, sempre gratuitamente, fornisce il servizio. Il medico esercita esentasse, limitandosi a pagare solo tributi all'atto della concessione dell'esercizio.